装置の使用料金は、 (i) 装置利用を公にするか否か、(ii) データを提供するか否か、に基づいて区分されます。前者(i)は装置利用のための課題申請の段階で選択されますが、後者(ii) は実験後にマシンタイムごとに選択できます。

成果公開型と成果非公開型課題：ARIM事業では、装置のご利用を利用報告書として記録に残す課題（成果公開型課題）が基本です（利用報告書についてはこちらを参照）。一方、利用報告書を提出せず装置利用を公にしない課題は成果非公開型課題と呼ばれています。ARIM事業においては大学の自主事業として位置づけられ、利用料金は成果公開型課題に比べて非常に割高となります。

データ提供の有無：ARIM事業では、装置共用で得られたマテリアルデータを収集・蓄積し、材料の研究開発の推進に利活用することを一つの目的としています（データ登録・共有についてはこちらを参照）。データをご提供いただくこと（データ提供あり）がARIM事業の基本となっており、ご提供いただけない場合（データ提供なし）は利用料金が割高となります。

成果公開型課題においてマシンタイムごとに選択できる料金体系：一つの課題を実施するためには複数の装置が複数回用いられるのが普通です。微細構造解析分野の成果公開型課題では、装置ごとのマシンタイム（日単位）ごとにデータ提供の有無を選択できます。

成果非公開型課題：この課題では、利用報告書の必要はなく、また文科省への報告も件数として数えられるだけで、申請者名、課題名など、内容にかかわる情報はすべて公にはされません。さらに必要に応じて秘密保持契約書を締結することも可能です。（秘密保持契約書はナノテク融合技術支援センターではなく、課題を実際に実施する部局との締結となります。）しかしながら、大学の装置は国民の税金によって設置・維持・管理されていますので、ナノテクセンターによる適切な審査により、東北大学で実施する課題として採択されることが前提となります。