先端電子顕微鏡センターは学内共用組織として 1974年に東北大学に設置された百万ボルト電子顕微鏡室をルーツに置く、最先端の電子顕微鏡の利用を推進する組織です。種々の改組を経て、現在では本学の研究推進・支援機構内の業務組織として位置づけられています。

超高圧電子顕微鏡は 2011年の震災で使用不能となりましたが、その後も高性能の収差補正電子顕微鏡を用いて高度な組織・構造解析を行っています。

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文科省の装置共用事業には第一期（2002-2006年）から参画しており、第三期にあたるナノテクノロジープラットフォーム事業の際には東北大学の構造解析関連の運営と技術支援を行うナノテク支援室もセンター内に設置されました。2022年３月、この事業が終了したことに伴い、同室も役目を終え、現在では分析コアARIM事業班が本学における装置共用事業のうち構造解析グループに関わるお世話を行っています。

なお、現在は感染症防止対策等の観点から、基本的に技術代行のみを受け付けています。