微細構造解析分野の装置群は金属材料研究所、東北先端顕微鏡センターおよび巨大分子解析研究センターにあります。それぞれの料金表はこちらにまとめています。
成果公開型課題の料金の考え方：ARIM事業の基本は成果公開型課題としてデータをご提供いただくことですが（料金体系を参照）、その場合、装置の利用料金は本学の貸付基準に基づき、各支援実施部局の料金設定に関わる内規に則って決められています。データをご提供いただけない場合は、データ提供ありの場合に比べて利用料金が割高となります。
非公開型課題の料金の考え方：成果非公開型課題では利用報告書の提出は不要で、もちろんデータの提供もありません。そのため使用料金は本学のルールに則って装置そのものの価値が反映された料金体系が適用され、成果公開型課題に比べて非常に割高となります。
利用形態による料金の考え方：ARIM事業において提供する装置は、利用者ご自身での利用も可能ですし（機器利用）、装置操作のスタッフによる補助（技術補助）や依頼（技術代行）も可能です。技術補助・代行の場合、技術代行料が発生します。